Scisne?

Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации

Н.А. Колчанов, В.В. Суслов, К.В. Гунбин

Комментарии: 0

Н.А. Колчанов, В.В. Суслов, К.В. Гунбин
Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации
Вестник ВОГиС, 2004, Том 8., №2. С. 86-99.
Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск e-mail: kol@bionet.nsc.ru


Введение

Рост сложности организмов всегда считался глобальной тенденцией эволюции жизни на Земле и признаком эволюционного прогресса (1). Данные палеонтологии указывают на рост сложности организмов и биосферы с момента появления жизни на Земле. Этот рост идет неравномерно, замедляясь и ускоряясь, но его не остановили ни массовые вымирания, ни глобальные катастрофы (2, 3). В общем виде эволюцию жизни на Земле можно описать следующим образом: жизнь появляется ~ 3,5 млрд лет назад в форме прогенот - простейших одноклеточных бактериеподобных структур (4, 5).

Первый всплеск биоразнообразия, вероятно, произошел около 3,1 млрд лет назад (6). Но уже около 2 млрд лет назад существовали все три мегацарства жизни: безъядерные эубактерии и архебактерии, а также эукариоты, клетки которых имеют ядро (7). В ходе дальнейшей эволюции архебактерии и эубактерии, оставаясь на прокариотическом уровне, совершенствовали свой метаболизм, не приобретая качественно новых свойств биологической организации. Напротив, эукариоты, не отличаясь разнообразием базового метаболизма, эволюционировали в высокоорганизованные формы жизни. Их глобальный вектор эволюции состоял в возникновении огромного многообразия форм жизни, при этом происходило качественное увеличение сложности биологической организации - от одноклеточных до многоклеточных, насчитывающих в своих организмах десятки триллионов клеток (8).

Так как фенотипические признаки организмов кодируются их геномами, ожидалось, что в разных таксонах геномы значительно различаются по числу генов. Расшифровка геномов выявила, что: а) сложность прокариот в целом коррелирует с размерами геномов и числом генов; б) наблюдается рост размера геномов и числа генов при переходе от прокариот к эукариотам и от одноклеточных к многоклеточным; в) у эукариот отсутствует связь между биологической сложностью, размерами геномов и числом генов (табл.). Последний результат был совершенно неожиданным. Например, Drosophila melanogaster содержит всего 13600 генов, а более простой круглый червь Caenorhabditis elegans - 19000 генов. Удивительно, что человек и рыба фугу имеют примерно равное количество генов ~ 30000-40000 (9, 10). Где же заключен потенциал усложнения генетической программы, реализуемой геномом?

Таблица. Сравнительная характеристика геномов про- и эукариот (По: (9, 10) с изменениями)


*Протист, имеющий многоклеточную стадию жизненного цикла - плодовое тело (14).

Комбинаторное кодирование сложности

Комбинаторика на уровне генов. В отличие от генов прокариот, регуляторные районы генов эукариот очень велики (рис. 1). Так, регуляторный район гена тирозин-аминотрансферазы имеет размер 10000 пар нуклеотидов и содержит более 40 сайтов (11, 12).

Представим, что регуляторный район гена содержит N сайтов связывания регуляторных белков. Каждый сайт может быть свободным или связанным с регуляторным белком. Поэтому количество состояний регуляторного района равно 2N. При N = 20 - около миллиона состояний! Для чего необходима такая емкость регуляторного кода? Очевидно, для того, чтобы в многоклеточном организме один и тот же ген в зависимости от стадии клеточного цикла, типа клетки, ткани, органа, стадии развития организма мог иметь различные паттерны экспрессии (13). Такой комбинаторный принцип кодирования генетической информации у эукариот - эволюционное приобретение широкого профиля, он позволяет фактически безгранично наращивать сложность генетических программ без существенного увеличения размеров геномов.


Рис. 1. Регуляторные районы, контролирующие транскрипцию эукариот, имеют большую длину и содержат большое количество регуляторных элементов: фрагмент иерархически организованного регуляторного района гена аполипопротеина В человека (12).

Другим примером комбинаторного кодирования является альтернативный сплайсинг пре-мРНК у эукариот. Комбинаторика экзонов и интронов обеспечивает огромную емкость кодирования генетической информации. Блестящий пример - ген DSCAM дрозофилы, белок которого участвует в формировании нервной системы. На основе альтернативного сплайсинга один этот ген кодирует десятки тысяч вариантов белка (15) (рис. 2).


Рис. 2. Альтернативный сплайсинг эукариот: а - принцип альтернативного сплайсинга; б - комбинаторика альтернативного сплайсинга гена DSCAM (По: (15) упрощенно).

Комбинаторика на уровне генных сетей.

Любой фенотипический признак - результат работы определенной генной сети - группы координированно функционирующих генов. Генные сети можно разбить на 4 класса: сети гомеостаза, циклических процессов, стрессового ответа и морфогенеза. В сетях гомеостаза превалируют отрицательные обратные связи, в циклических сетях имеется баланс между положительными и отрицательными обратными связями, в остальных сетях важную роль играют положительные обратные связи, уводящие систему от исходного состояния. В любой генной сети есть центральный регулятор - транскрипционный фактор, одновременно активирующий множество генов - генную кассету. Мутации центральных регуляторов могут менять функции больших групп генов, приводя к выраженным фенотипическим изменениям (16-18). Можно представить два типа мутаций центрального регулятора, существенно меняющих работу генных сетей: мутации в регуляторных районах гена центрального регулятора и мутации, меняющие структуру белков-транскрипционных факторов, регулирующих экспрессию центрального регулятора путем нарушения тонкой стереохимии соответствия атомных группировок белка и функционального сайта ДНК. Пример быстрой эволюции вследствие мутаций первого типа - селекция кукурузы из дикого предка -теосинта, происходившая 7 тыс. лет назад в Центральной Америке и связанная с положительным отбором и фиксацией в промоторе гена tb1 (teosinte-branchedl) уникального комплекса мутаций, обусловивших возникновение характерных особенностей строения початка кукурузы (19) (рис. За). Эволюционное значение мутаций второго типа иллюстрирует тот факт, что у Arabidopsis thaliana гены, управляющие транскрипцией, наименее консервативны по сравнению с генами, обеспечивающими другие функции организма (20) (рис. 36).


Рис. 3. Мутации центральных регуляторов и изменчивость организмов.
а - фиксация комплекса мутаций в гене tbl привела к возникновению початка кукурузы (По: (19), с изменениями); б - сравнение белков разных функциональных групп Arabidopsis thaliana с белками тех же групп у видов других таксонов. Белки, регулирующие транскрипцию, обладают наименьшим сходством, что позволяет предположить важную роль эволюции транскрипционных факторов в расхождении таксонов (По: (20), упрощенно).

Эволюционные механизмы перестройки генных сетей

Мутации центральных регуляторов. Быстрая кардинальная перестройка морфологии может быть результатом сравнительно небольших мутационных изменений, повлиявших на экспрессию центральных регуляторов, что, в свою очередь, могло вызвать перестройку функционирования генных сетей. Экспериментальным подтверждением такого сценария могут служить перестройки морфогенеза A. thaliana вследствие трансгенеза MADS-генов - центральных регуляторов генной сети развития цветка (21). Генная сеть развития цветка - своеобразный молекулярно-генетический автомат. Он состоит из нескольких частично перекрывающихся подсетей. Комбинаторика регуляторных белков (в основном MADS-белки) по-разному совмещает работу этих подсетей. Например, активация подсети генов А запускает формирование чашелистиков, А+В - лепестков, В+С - тычинок и С -пестиков. В эти подсети входят следующие гены MADS-белков: подсеть А - гены, кодирующие семейство API-подобных белков, подсеть В - гены, кодирующие семейство AP3/PI-подобных белков, подсеть С - гены, кодирующие семейство AG-подобных белков (22,23). Экспериментальный трансгенез генов MADS может приводить к превращению стеблевых листочков в лепестки, появлению цветка из двух рядов лепестков и тычинок и т. д. Примечательно, что эти морфологические изменения, сопоставимые с происходящими при видообразовании, достигаются за счет минимума изменений в геноме - переноса нескольких генов, перепрограммирующих весь автомат (24) (рис. 4а). В эволюции цветковых растений такое перепрограммирование также шло за счет появления новых MADS-генов из-за дупликации и дивергенции предкового гена, что обеспечило все известное разнообразие вариантов развития цветка ~ 285 млн лет назад (25) (рис. 46).


Рис. 4. Гены MADS-белков и изменчивость морфологии цветковых растений.
а - экспериментальный трансгенез нескольких генов MADS-белков приводит к кардинальным изменениям в морфологии Arabidopsis thaliana (По: (24), упрощенно); б - эволюционное древо генов MADS-белков цветковых растений. Все современное разнообразие MADS-белков произошло от одного предкового гена в ходе множества дупликаций (По: (25), упрощенно).

Мутации в каскадах положительных обратных связей. Особый интерес представляют мутации в генных сетях с положительными обратными связями. В таких сетях незначительные мутационные изменения могут приводить к выраженным изменениям фенотипа организмов. Например, ген tb1 не был идентифицирован в базе данных по кукурузе, содержащей ~ 100000 EST, что говорит о предельно малом количестве его продукта в клетках (26). Роль tb1 в селекции кукурузы (см. выше), как и ярко выраженный фенотипический эффект его мутаций, можно объяснить лишь каскадным усилением по механизму положительной обратной связи в генных сетях онтогенеза. О степени данного усиления в таких генных сетях дает представление генная сеть программируемой клеточной смерти - апоптоза. Если сравнить молекулярную массу белка FasL, запускающего апоптоз, и массу погибшей клетки, то различие составит ~ 1010 (27, 28)! Высочайшая степень усиления в генных сетях с положительными обратными связями вызывает аналогию с сверхкритичными системами, известными в физике и механике. Пример подобной системы - снежная лавина, в которой масса двигающегося снега на много порядков больше массы исходного воздействия. Именно регуляторные контуры с каскадами положительных обратных связей, вовлеченные в регуляцию онтогенеза, - наиболее вероятные мишени процессов видообразования.

Мутации, изменяющие динамический режим функционирования генной сети. В результате теоретических исследований выявлен другой класс мутаций, качественно изменяющих свойства генных сетей. На рис. 5.1 представлена теоретическая генная сеть из 4 генов, имеющая единственное устойчивое состояние: независимо от начальных данных в клетке присутствует только белок Р4, а остальные белки отсутствуют. Но появление в ходе мутации лишь одной новой регуляторной связи (выделена жирной стрелкой) качественно усложняет динамику сети - появляются два устойчивых состояния (стационарное и циклическое). В зависимости от начальных данных генная сеть попадает в одно из них (29). Таким образом, в ходе эволюции могли происходить скачкообразные изменения динамики генных сетей, приводящие к выраженным фенотипическим изменениям. Например, так могло идти изменение жилкования крыла двукрылых. Известны мутанты D. melanogaster, жилкование крыла которых сходно с жилкованием древних насекомых, т.е. генная сеть предкового жилкования сохраняется. Значит, жилкообразование у насекомых, имеющих в отличие от предков меньшее число жилок, должно ингибироваться в определенных местах крыла, что могло произойти вследствие мутации, изменившей режим функционирования генной сети жилкования (рис. 5.2) (30,31). Другой яркий пример - крылатые и бескрылые расы у муравьев. Генетические исследования показали, что в разных филумах муравьев прерывание работы генной сети формирования крыла возникло независимо и происходит на разных этапах развития. Замечательно, что муравьи "научились" в ходе эволюции управлять этой генной сетью, регулируя соотношение крылатых и бескрылых форм в зависимости от ситуации в муравейнике (32).


Рис. 5. Динамические системные мутации в теоретических (1) и реальных (2) генных сетях.
1 - изменение динамического режима функционирования теоретической генной сети вследствие появления новой связи. Объяснения см. в тексте (29).
2 - сравнение предкового жилкования крыла насекомых и расположения аномальных продольных жилок (псевдожилок) у мутантов D. melanogaster (По: (30, 31)).
а - крыло взрослой долгоножки, сохранившей рисунок жилкования, близкий к предковому (Р - псевдожилки, L - продольные жилки); б - реконструкция предкового жилкования (в скобках даны сокращенные названия жилок, принятые в энтомологии); в - расположение "горячих точек" эктопического жилкообразования на крыле D. melanogaster (Р2, Р4, Р5 и Р6): Р4 располагается между жилками L3 и L4 у fu-мутантов. У net-мутантов обнаруживаются псевдожилки Р2 и Р6: Р2 располагается между краем крыла и L2, Р6 - между L5 и L6. Р5 располагается между L4 и L5 на постериорной границе экспрессии гена sal (По: (31)).

Мутации в генных сетях-интеграторах. Еще один механизм возникновения системных мутаций связан с генными сетями-интеграторами, координирующими ансамбли подчиненных им генных сетей. Примером хорошо изученной генной сети-интегратора является генная сеть регуляции уровня свободных радикалов, при воспалительных процессах обеспечивающая активацию ансамбля генных сетей противовоспалительного ответа, остановки клеточного цикла, апоптоза и др. (18, 28, 33). Мутации, ведущие к изменению функционирования генной сети-интегратора, могут приводить к одновременному изменению работы множества связанных с ней генных сетей и, как следствие, к фенотипическим изменениям больших масштабов. Например, у билатеральных животных Hox-гены являются центральными регуляторами многих генных сетей-интеграторов морфогенеза (работа которых контролируется также компонентами сигнальных каскадов и тканеспецифичными транскрипционными факторами) (34). Экспрессия Нох-тенов Ubx и abdominal-A в задних брюшных сегментах гусениц локально репрессирована, что позволяет им формировать ложные ноги. Напротив, у личинок дрозофилы брюшные ложные ноги не формируются вследствие экспрессии этих генов в брюшных сегментах (35).

Механизмы эволюционной консервативности генных сетей

Комплексность центральных регуляторов. Резкие изменения фенотипа, подобные описанным выше, делают мутации в центральных регуляторах сетей онтогенеза чрезвычайно опасными и ставят вопрос о механизмах защиты. Одним из таких механизмов может быть комплексность центральных регуляторов, хорошо изученная у растений. Отличительной чертой подсетей формирования меристемы цветка и органов цветка является то, что регуляторы генов-интеграторов этих подсетей - не отдельные белки, а совместно действующие группы белков и/или белковые комплексы. Действительно, в данном случае даже утрата одного из генов-регуляторов гена-интегратора приведет только к частичной элиминации функции генной сети. Например, в результате такой мутации в генной сети меристемы цветка в соцветии A. thaliana не развиваются базалъные цветки, а развиваются только терминальные (36, 37). Интегратором подсети меристемы цветка является ген LFY. Генами-регуляторами этого интегратора являются гены AP1, CAL и FUL (36, 38). Мутации в гене API не изменяют экспрессию гена LFY, приводя только к частичным потерям функции меристемы цветка (37). В двойном мутанте ap1 cal потеря функции меристемы цветка значительнее, при этом наблюдается изменение экспрессии гена LFY(36). Тройной мутант ap1 cal ful вообще не цветет (т.е. функция меристемы цветка элиминирована полностью), и экспрессия LFY в нем сильно изменена (36, 39). При этом одиночная мутация ful или cal никак не сказывается на переходе к цветению, одиночная мутация гена CAL вообще не сказывается на фенотипе (36, 39). Гены AP1, CAL и FUL имеют значительную гомологию друг с другом. Продукты генов AP1, CAL и FUL образуют мультимер, все субъединицы которого взаимозаменяются без существенной потери функции. Например, белковые продукты генов AP1 и CAL имеют 76 % идентичных и 88 % подобных аминокислот. В мультимере при отсутствии CAL его роль может выполнять АР1. Столь значительная гомология АР1, CAL и FUL предполагает их происхождение в ходе дупликаций (40). Таким образом, роль дупликаций в эволюционном процессе намного сложнее, чем предполагал С. Оно (41). Они не только могут провоцировать прогрессивную эволюцию, но и, наоборот, могут тормозить ее темпы.

Ярким примером защитной роли комплексности центральных регуляторов является экспериментальная трансформация цитрусовых, цветущих в норме на 6-20-м году жизни, геном AP1 A. thaliana под конститутивным промотором. В итоге трансформанты стали цвести на первом году жизни, не претерпев при этом никаких морфологических аномалий и стабильно передавая признак раннего цветения потомству (42). Таким образом, несмотря на то, что мутация центрального регулятора привела к серьезным изменениям динамики онтогенеза, генные сети морфогенеза оказались защищенными от ее последствий.

Сами центральные регуляторы подсетей также могут быть белковыми комплексами. Так, превращение листьев в лепестки может быть вызвано только совместной конститутивной экспрессией генов AP1, АРЗ, PI и SEP3, а превращение листьев в тычинки - совместной конститутивной экспрессией генов AG, АРЗ, PI, SEP3(24). Показано, что белки, кодируемые этими генами, образуют тетрамерный комплекс, а мутация одного гена из комплекса вызывает только частичное нарушение формирования органа. В данном случае белки, формирующие комплекс, не столь гомологичны, как AP1, CAL и FUL, и не способны, по-видимому, образовывать гомомер (24).

Интеграция генных сетей. Другим механизмом защиты является сильная интеграция генных сетей, вследствие чего мутации центральных регуляторов будут иметь резко выраженный плейотропный эффект, а сами центральные регуляторы будут находиться под жестким давлением стабилизирующего отбора. В эмбриогенезе животных наиболее сильно интегрированы генные сети Hox-генов, ответственных как за морфофункциональную спецификацию сегментов тела, так и за дифференцировку отдельных органов сегмента (34, 43). Соответственно мутации Hox-генов (гомеозисные мутации), как правило, вредны, а стадии эмбриогенеза, на которых Hox-гены начинают специфицировать сегменты, наименее эволюционно лабильны (34, 44, 45). Напротив, более ранние и более поздние стадии эмбриогенеза в разных таксонах билатеральных животных намного разнообразнее по молекулярно-генетическим механизмам, даже если морфологически весьма сходны (46-49).

Генные сети: от консервативности к лабильности

Ослабление интеграции генных сетей или выделение относительно самостоятельных и слабо перекрывающихся подсетей формируют горячие точки эволюции. Например, у растений лепестки и тычинки являются самыми лабильными органами цветка, что коррелирует с тем, что участвующие в их формировании MADS-гены подсетей В и С задействованы только в сети формирования органов цветка. Наоборот, гены подсети А, кроме того, участвуют в формировании меристемы цветка. Соответственно гены подсетей В и С, по-видимому, были более ранней эволюционной мишенью. Гены семейства AP1, судя по наличию высокогомологичных паралогов, переживают эволюционные изменения в настоящий период, причем механизмом ослабления интеграции генных сетей в этом случае является дупликация гена (24,25), что типично для растений (50). Другим механизмом ослабления интеграции генных сетей может служить усложнение регуляции гена, позволяющее по-разному регулировать один и тот же ген в разных группах клеток многоклеточного организма. Функционально это равносильно дупликации гена. Например, вышеупомянутые Нох-гены, Ubx и abdominal-A, по-разному экспрессируются в различных брюшных сегментах гусеницы. В первых двух брюшных сегментах, которые не несут ложные ноги, экспрессия Ubx и abdominal-A аналогична таковой у личинок дрозофилы. Возможно, это связано с наличием двух разных типов регуляторных районов: в первых двух брюшных сегментах экспрессию Ubx и abdominal-A в примордиях ложных ног регулирует один регуляторный район. В задних брюшных сегментах другой регуляторный район репрессирует Ubx и abdominal-A, позволяя примордиям развиться в ложные ноги (35). Таким образом, усложнение регуляции гена и его различная экспрессия в разных типах клеток являются новым способом комбинаторного кодирования информации огромной емкости, который освоили только многоклеточные эукариоты.

Роль регуляторной компоненты генной сети в эволюции

В любой генной сети имеются исполняющая и регуляторная компоненты. Например, в генной сети цикла трикарбоновых кислот Escherichia coli исполняющую компоненту входят гены, кодирующие ферменты, непосредственно участвующие в этом метаболическом цикле, а в регуляторную - гены, их регулирующие. Регуляторная компонента этого цикла существенно сложнее метаболической: в среднем на 1 метаболический процесс приходится 13 регуляторных (51). Подобное соотношение характерно и для других генных сетей. В чем причина этого? Очевидно, что процессы базового метаболизма бактерий сформировались еще на заре эволюции и с тех пор существенно не менялись. Эволюционное усложнение бактерий шло именно за счет усложнения регуляторных контуров, управляющих базовыми консервативными процессами. Полный граф метаболизма Е. coli содержит по последним данным ~ 4000 процессов. С учетом вышесказанного можно понять, насколько сложна регуляторная компонента даже такого простого организма, как бактерия. Можно сделать вывод: сложность организмов зависит не столько от количества генов в их геномах, сколько от сложности регуляции этих генов. Сложность регуляции гена можно грубо оценить количеством регуляторных контуров, замыкающихся на этот ген. Таким образом, прогрессивная эволюция организмов будет тесно (хотя и неоднозначно) связана с возникновением новых регуляторных контуров или усложнением старых.

Как возникают и усложняются регуляторные системы в ходе эволюции? Рассмотрим простейший контур с отрицательной обратной связью (ООС), регулирующий концентрацию белка. Любое отклонение концентрации белка от нормы отслеживается регуляторным звеном ООС, компенсирующим его путем изменения скорости биосинтеза белка (эффекторное звено ООС). Причем контуру безразлична природа факторов, приводящих к отклонениям от нормы. Следовательно, ООС минимизирует фенотипическое проявление мутаций, "обнейтраливает" их, выводя из-под действия отбора. Теоретически показано - чем сильнее ООС, тем сильнее эффект обнейтраливания и тем меньше величина фенотипической изменчивости в популяции (52).

Также показано, что стабилизирующий отбор благоприятствует в популяции таксонам с ООС, преимущественно фиксируя ООС высокого уровня иерархии, что ведет к росту иерархии регуляторных систем (рис. 6а). При этом на нижних уровнях иерархии накапливаются мутации, эволюционирующие в нейтральном режиме (52).


Рис. 6. Конкуренция особей с отрицательной обратной связью (N) и без нее (№) в ходе эволюции популяции под действием стабилизирующего отбора (а) и под действием движущего отбора (б). Численность популяции постоянна. В начальный момент 50 % особей имеют контур с отрицательной обратной связью (N ) и 50 % особей не имеют такого контура (№) (52).

Важно, что эти мутации не являются нейтральными. Их фенотипический эффект скомпенсирован ООС. Другим классом мутаций со скомпенсированным эффектом являются условно нейтральные мутации - двойные мутации, компенсирующие фенотипический эффект друг друга (генотипическая супрессия у микроорганизмов, скоординированные замены в белках и рРНК, молекулярный драйв) (53). Одновременное появление таких мутаций - событие маловероятное, но появление одной вредящей мутации должно резко увеличить вероятность фиксации компенсирующей ее мутации (54, 55). Отмеченная выше комплексность центральных регуляторов должна способствовать накоплению в них условно нейтральных мутаций.

В отличие от условно нейтральных мутаций, обнейтраленные мутации не являются двойными, их фенотипическая нейтральность не зависит от конкретных молекулярных механизмов и они не влияют на вероятность фиксации мутаций, увеличивающих силу обнейтраливающего их контура ООС. Эта сила далеко не безгранична и лимитируется мощностью эффекторного и регуляторного звеньев. Превышение пределов их мощностей автоматически выводит часть обнейтраливаемых мутаций под действие отбора. Такое превышение может быть обусловлено либо изменением окружающей среды, либо накоплением груза мутаций в контуре, либо комбинацией этих причин. Представим, что два таксона, живущие в разных экологических нишах, имеют регуляторный контур равной мощности, унаследованный от общего предка. За равное время эволюции этот контур должен накопить в обоих таксонах примерно равный груз обнейтраленных мутаций. Пока запас силы контура велик, эти мутации никак себя не проявляют. Соответственно таксоны эволюционно стабильны, то есть находятся в стазисе. По мере приближения груза к "точке насыщения" эволюционная картина должна меняться. Оба таксона должны утратить эволюционную стабильность, выйти из стазиса. Обнейтраленные мутации должны начать проявляться при незначительных колебаниях окружающей среды. Причем, поскольку в разных нишах будет различна динамика таких колебаний, будет различна и эволюционная судьба таксонов. В худшем случае при неспецифическом изменении среды, затронувшем обе ниши, оба таксона вымрут - произойдет "катастрофа" в терминах катастрофизма. По своему влиянию на биосферу она может быть слабее подобных катастроф, успешно пережитых обоими таксонами ранее, когда не вся сила контура была задействована на обнейтраливание генетического груза.

Теперь представим экосистему, где большую часть ключевых ролей играют родственные таксоны (ситуация, не раз возникавшая на протяжении эволюции, например, динозавровые биоты или биота сумчатых Австралии (56, 57)). Предположим, что все эти таксоны унаследовали от общего предка контуры ООС равной силы и претерпели длительный стабилизирующий отбор, в ходе которого этот контур в каждом из таксонов накопил груз мутаций, близкий к "точке насыщения". В этом случае эволюционную стабильность примерно в одно и то же время могут утратить несколько ключевых таксонов, что приведет экосистему к кризису. Теоретически возможен и "цепной" сценарий: первым эволюционную стабильность теряет вид с регуляторным контуром, наиболее "насыщенным" мутационным грузом. Его гибель или выход из стазиса автоматически ухудшают условия для других видов, регуляторные контуры которых тоже не выдерживают, из-за чего эти виды тоже теряют эволюционную стабильность и т. д. Значит, длительный стабилизирующий отбор в экосистемах с низким таксономическим разнообразием может сам по себе привести к экосистемному кризису и вымиранию близкородственных таксонов-доминантов. На первый взгляд, наличие таксонов - "живых ископаемых" - противоречит этому выводу, так как их существование обычно объясняется стабильностью среды обитания и, следовательно, длительным стабилизирующим отбором. На деле это не совсем так. Часть "живых ископаемых" населяет биотопы, подверженные циклическим изменениям. В таких биотопах направление отбора должно меняться так быстро, что не позволяет таксону специализироваться, из-за чего он сохраняет примитивную морфологию. Это подтверждается, например, тем, что север Европы с его частыми сменами оледенений и межледниковий населяют виды с наиболее генерализованной морфологией (58). Напротив, темпы молекулярной и биохимической эволюции "живых ископаемых" сравнимы с таковыми у форм с эволюционно молодой морфологией (59), что согласуется с помехоустойчивостью генных сетей морфогенеза (42) и указывает на возможность эволюции под действием движущего отбора при сохранении генерализованной морфологии.

При дизруптивном или движущем отборе ситуация противоположна: преимущество получают таксоны без ООС или утерявшие ООС, в то время как таксоны с ООС элиминируются из популяции (рис. 66) (52). При этом таксоны, утерявшие ООС, будут взрывообразно демонстрировать весь спектр накопленных и ранее обнейтраливаемых мутаций - произойдет гиперманифестация изменчивости и соответственно появится целая когорта молодых таксонов (60). Конечно, не все эти мутации будут адаптивны в новых условиях, поэтому за взрывом изменчивости должно наблюдаться вымирание вновь образованных таксонов, интенсивность которого со временем падает. Таксоны, пережившие вымирание, вступают в стазис. Именно такую картину и удалось наблюдать палеонтологам для когорт таксонов морских организмов фанерозоя. Важно, что описанная закономерность наблюдается на протяжении всего фанерозоя, т.е. является глобальным трендом эволюции, а посему должна иметь системный характер (61).

Таким образом, стабилизирующий и движущий/дизруптивный отборы противоположным образом влияют на регуляторные системы организмов, что приводит к так называемым эволюционным качелям. Поочередно при стабилизирующем отборе происходит возникновение и усиление ООС, а при движущем отборе - ослабление или разрушение некоторых ООС (60). Спектр мутаций, среди которых есть вредные, нейтральные, инадаптивные и адаптивные, должен фиксироваться в геномах таксонов в период стазиса в нейтральном режиме. В процессе захвата новой экологической ниши (или изменения старой) происходит разрушение контура ООС и гиперманифестация изменчивости, после чего таксоны с вредными мутациями быстро вымирают, следом за ними в ходе отбора постепенно вымирают или вытесняются в другие экологические ниши таксоны с инадаптивными мутациями. Если это действительно так, то фиксация практически всего спектра адаптивных для новой ниши мутаций должна проходить за короткое время и именно в периоды заселения (формирования) новых экологических ниш, что подтверждают эксперименты Елены и Ленски (62, 63).

Регуляторные контуры с ООС широко распространены в природе. Они выявляются на всех уровнях организации живого, от молекулярно-генетического, до экосистемного. Следовательно, феномен эволюционных качелей должен наблюдаться и на экосистемном уровне. Когерентная эволюция происходит под контролем сложившейся устойчивой структуры экологического сообщества в условиях острой конкуренции. Некогерентная эволюция, наоборот, идет в условиях распадающейся экологической системы и ослабленной конкуренции. Смена стадий когерентной и некогерентной эволюции (2), проходящая через вымирание доминирующих видов экосистемы (аналог разрушения регуляторного контура высшего иерархического уровня), вследствие чего свой эволюционный потенциал проявляют таксоны-субдоминанты (аналог обнейтраленных мутаций), по-видимому, является аналогом эволюционных качелей в экосистемах.

Основные выводы

1. Прогрессивная эволюция - это эволюция регуляторных генетических систем организмов.

2. В основе кодирования генетической сложности лежит блочно-комбинаторный принцип, позволяющий очень экономно записывать в геномах огромное количество информации о генетических программах, выполняемых генными сетями.

3. Блочно-комбинаторный принцип, буквально пронизывающий кодирование генетических программ функционирования высших эукариот, может обеспечивать как скачкообразное ускорение, так и замедление темпов эволюции.

4. Ускорение темпов эволюции связано с дезинтеграцией генных сетей и разрушением контуров с отрицательной обратной связью, что облегчает перекомбинирование уже существующих связей в генных сетях, либо фенотипическое проявление немногих новых связей.

5. Замедление темпов эволюции связано с усилением интеграции генных сетей и образованием контуров с отрицательной обратной связью.

Благодарности

Выражаем благодарность сотрудникам лабораторий теоретической генетики и молекулярной эволюции ИЦиГ СО РАН, а также особую признательность А.В. Харкевичу за помощь в подготовке статьи.

Работа поддержана грантами РФФИ: 03-04-48506-а, 03-01-00328, интеграционными проектами СО РАН № 119, № 142, № 145, № 148, проектом "Описание и анализ биоразнообразия динамики экосистем Сибири с использованием информационных технологий" программы РАН по биоразнообразию (12.4), проектом "Компьютерное моделирование и экспериментальное конструирование генных сетей" программы РАН по физико-химической биологии (10.4) и проектом "Происхождение и эволюция биосферы" программы президиума РАН.

Литература

1. McShea D.W. The minor transitions in hierarchical evolution and the question of a directional bias // J. Evol. Biol. 200!. V. 14, № 3. P. 502-518.
2. Красилов В. А. Нерешенные проблемы теории эволюции. Владивосток: ДВНЦ АН СССР, 1986. 138 с.
3. Марков А.В. Новый подход к моделированию динамики разнообразия фанерозойской морской биоты // Журн. общ. биологии. 2001. Т. 62, №6. С. 460-47!.
4. Shopf J.W., Parker B.M. Early Archean (3,3 billion to 3,5 billion year old) microfossils from Warrawoona Group, Australia // Science.
1987. V. 237, №4810. P. 70-73.
5. Schidlowski M. A 3,800-million-year isotopic record of life from carbon in sedimentary rocks // Nature. 1988. V. 333, № 6171. P. 313-318.
6. Joyce G.F. The antiquity of RNA-based evolution // Nature. 2002. V. 418, № 6894. P. 214-221.
7. Brocks J.J., LoganG.A.. BuickR., SummonsR.E. Archean molecular fossils and the early rise of eukaryotes // Science. 1999. V. 285, Jfe 5430. P. 1025-1027.
8. Суслов В.В.. Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Генетические механизмы кодирования биологической сложности // Экологическая генетика. 2004 (в печати).
9. Carroll S.B. Chance and necessity: the evolution of morphological complexity and diversity // Nature. 2001. V. 409, № 6823. P. 1102-1109.
10. Taft R.J., Mattick J.S. Increasing biological complexity is positively correlated with the relative genome-wide expansion of non-protein-coding DNA sequences // Genome Biol. 2003. V. 5, № 1. PI. Epub 2003 Dec 01. http:// genomebiology.eom/2003/5/l/P 1.
11. Колчанов Н.А., Ананько Е.А., Колпаков Ф.А. и др. Генные сети // Мол. биология. 2000. Т. 34, №4. С. 533-544.
12. IgnatieyaE.V.,AnankoE.A.,PodkolodnayaO.A. etal. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): Description of Transcription Regulation and the Main Capabilities of the Database // Bioinformatics of genome regulation and structure / Eds. N.A. Kolchanov, R. Hofestaedt. Boston a.o.: Kluwer Acad. Publ, 2004. P. 81-92.
13. Колчанов Н.А., Суслов В.В., Шумный В.К. Молекулярная эволюция генетических систем // Палеонтологический журнал. 2003. Т. 37, №6. С. 617-629.
14. Хаусман К. Протозоология. М.: Мир, 1988. 336 с.
15. Black D.L. Protein diversity from alternative splicing: a challenge for bioinformatics and post-genome biology // Cell. 2000. V. 103, № 3. P. 367-370.
16. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A. etal. GeneNet database: description and modeling of gene networks // In Silico Biol. 2002. V. 2, №2. P. 97-110.
17. Kolchanov N.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A. et a]. Gene networks description and modelling in the GeneNet system // Gene Regulation and Metabolism: Post-genomic Computational Approaches / Eds. J. Collado-Vides, R. Hofestadt. Cambridge, a.o.: MIT Press, 2002. P. 149-179.
18. Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. Gene networks: principles of organization and mechanisms of operation and integration // Proc. Ill Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002). Novosibirsk: ICG, 2002. V. 2. P. 111-115.
19. Wang R.L., Stec A., Hey J. etal. The limits of selection during maize domestication // Nature. 1999. V. 398, № 6724. P. 236-239.
20. The Arabidopsis genome initiative analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana II Nature. 2000. V. 408, №6814. P. 796-815.
21. Theissen G., Saedler H. Flora] quartets // Nature. 2001. V. 409, № 6819. P. 469-471.
22. Theissen G., Saedler H. MADS-Ьох genes in plant ontogeny and phylogeny: Haeckel's "biogenetic law" revisited II. Curr. Opin. Genet. Dev. 1995. V. 5, № 5. P. 628-639.
23. Theissen G., Becker A., Di Rosa A. etal. A short history of MADS-Ьох genes in plants // Plant Mol. Biol. 2000. V. 42, № 1. P. 115-149.
24. Honma Т., Goto K. Complexes of MADS-Ъох proteins are sufficient to convert leaves into floral organs //Nature. 2001. V. 409, № 6819. P. 525-529.
25. Lawton A.L., Alvarez-Buylla E.R.. Purugga-nan M.D. Molecular evolution of flower development // Trends Ecol. Evol. 2000. V. 15, №4. p. 144-149.
26. Baum D.A., Doebley J., Irish V.F., Kramer E.M. Response: missing links: the genetic architecture of flower and floral diversification // Trends in Plant Sci. 2002. V. 7, № 1. P. 31-34.
27. Stepanmko I.L., Grigor'ev S.A. Organization of the gene network of apoptosis // Proc. Ill Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002). Novosibirsk: ICG, 2002. V. 2. P. 89-91.
28. Stepanenko I.L., Kolchanov N.A. Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases // Ann. N.Y. Acad. Sci. 2003. V. 1010. P. 16-18.
29. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Фадеев СИ. О связи графа генной сети с качественными режимами ее функционирования // Мол. биология. 2001. Т. 35, № 6. С. 1080-1087.
30. Garcia-Bellido A., de Celis J.F. Developmental genetics of the venation pattern of Drosophila II Annu. Rev. Genet. 1992. V. 26. P. 277-304.
31. Biehs В., Sturtevant M. A., Bier E. Boundaries in the Drosophila wing imaginal disc organize vein-specific genetic programs // Development. 1998. V. 125, № 21. P. 4245-4257.
32. Abouheif E., Wray G.A. Evolution of the gene network underlying wing polyphenism in ants // Science. 2002. V. 297, № 5579. P. 249-252.
33. Степаненко И.Л. Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода // Экологическая генетика. 2004 (в печати).
34. Hombria J.C.-G., Lovegrove В. Beyond homeosis - Нох function m morphogenesis and organogenesis // Differentiation. 2003. V. 71, №8. P. 461-476.
3 5. Akam M. Hox genes, homeosis and the evolution of segment identity: no need for hopeless monsters // int. J. Dev. Biol. 1998. V. 42, № 3. P. 445-451.
36. Bowman J., Alvarez J., Weigel D. etsl. Control of flower development in Arabidopsis thaliana by APETALA1 and interacting genes // Development. 1993. V. 119, № 3. P. 721-743.
37. Weigel D, Alvarez J, Smyth D.R. eta/. LEAFY controls floral meristem identity in Arabidopsis Ii Cell. 1992. V. 69, № 5. P. 843-859.
38. Irish V.F., Sussex I.M. Function of the apetala-1 gene during Arabidopsis floral development // Plant Cell. 1990. V. 2, № 8. P. 741-753.
39. Ferrandiz C, Gu Q., Martienssen R., Yanofsky M. Redundant regulation of meristem identity and plant architecture by FRUITFULL, APETALA1 and CAULIFLOWER I! Development. 2000. V. 127, №4. P. 725-734.
40. Kempin S.A., Savidge В., Yanofsky M.F. Molecular basis of the cauliflower phenotype in Arabidopsis II Science. 1995. V. 267, № 5197. P. 522-555.
41. Оно С. Генетические механизмы прогрессивной зволюши. М.: Мир, 1973. 227 с.
42. Репа L., Marlin-Trilio Ы., Juarez J. et al. Constitutive expression of Arabidopsis LEAFY or APETALA1 genes in citrus reduces their generation time // Nat. Biotechnol. 2001. V. 19, № 3. P. 263-267.
43. McGinnis W. A century of homeosis, a decade of homeoboxes // Genetics. 1994. V. 137, № 3 P. 607-611.
44. Richardson M.K., Keuck G. Haeckel's ABC of evolution and development // Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 2002. V. 77, № 4. P. 495-528.
45. Richardson M.K. Heterochrony and the phylotypic period /7 Dev. Biol. 1995. V. 172, № 2. P. 412-421.
46. Raff R.A.. Sly B..1. Modularity and dissociation in the evolution of gene expression territories in development // Evol. Dev. 2000. V. 2, № 2. P. 102-113.
47. Raff R.A. The Shape of Life: Genes, Development, and the Evolution of Animal Form. Chicago: Univ. of Chicago Press, 1996. 520 p.
48. Gilbert S.f, Opitz J.M., Raff R.A. Resynthe-sizmg evolutionary and developmental biology /7 Dev. Biol. 1996. V. 173, № 2. P. 357-372.
49 Richardson M.K., Han ken J., Gooneratne Ml. et al There is no highly conserved embryonic stage in the vertebrates: implications for current theories of evolution and development // Anat. Embryo]. (Bert). 1997. V. 196, № 2. P. 91-106.
50. Liu I,., White M.J., MacRae Т.Н. Transcription factors and their genes in higher plants: functional domains, evolution and regulation /7 Eur. J. Biochem. 1999. V. 262, № 2. P. 247-257.
51. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. http://www.genome.ad.jp/kegg/
52. Колчанов Н.А., Шиндялов И.Н. Теоретическое исследование эволюции регуляторных контуров при различных типах отбора // Проблемы генетики и теории эволюции / Ред. В.К. Шумный, А.О. Рувинский. Новосибирск: Наука, 1991. С. 268-279.
53. Алешин В.В., Петров Н.Б. Условно нейтральные признаки // Природа. 2003. № 12. С. 25-34.
54. Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Консервативные особенности ДНК-связывающих доменов класса "гомеодомен", обусловленные коадаптивными заменами аминокислотных остатков /7 Докл. АН. 2001. Т. 380, № 5. С. 691-695.
55. Afonnikov D.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with co-ordinated substitutions П Bioinformatics. 2001. V. 17, № 11. P. 1035-1046.
56 Кэрролл Р. Палеонтология и эволюция позвоночных. Т. 2. М.: Мир, 1992. 280 с.
57. Кэрролл Р. Палеонтология и эволюция позвоночных. Т. 3. М.: Мир, 1993. 312 с.
58. Dynesius M., Jansson R. Evolutionary consequences of changes in species' geographical distributions driven by Milankovitch climate oscillations // Proc. Natl Ac ad. Sci. USA. 2000. V.97,*6 16. P. 9115-9120.
59. Антонов А.С. Растения и животные - "живые ископаемые" II Природа. 2000. № 10. С. 73-78.
60. Колчанов Н.А. Эволюция регуляторных генетических систем // Теоретический семинар геологов и биологов "Происхождение и эволюция живых систем". Горный Алтай, стационар "Денисова пещера", 2003, на сайте: Происхождение и эволюция живых систем, http://www.bionet.nsc.ru/live
61. Марков А.В. Возвращение Черной Королевы, или Закон роста средней продолжительности существования родов в процессе эволюции // Журн. общ. биологии. 2000. Т. 61, № 4. С.357-369.
62. Elena S.F., Lenski R.E. Microbial genetics: evolution experiments with microorganisms: the dynamics and genetic bases of adaptation // Nat. Rev. Genet. 2003. V. 4, № 6. P. 457-469.
63. Elena S.F., Lenski R.E. Test of synergistic interactions among deleterious mutations in bacteria /7 Nature. 1997. V. 390, № 6658. P. 395-398.
Комментарии: 0